2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
天庭有珍奇书籍“天书”，被锁在石龛门里三千年。看守天书的袁公对天书的内容好奇不已，他乘无人之际，偷偷拿出观看。原来，天书上记录了一百〇八条法术，袁公偷偷下凡，把天书上的内容刻在石壁上。但本意造福人类的袁公此举却触犯了天条，遭到了玉帝的惩罚。 炼丹炉里的仙丹不慎被三条狐狸偷吃了，她们变成精下凡骗人钱财，还假扮仙姑和官府勾结，欺压百姓，祸害人间。袁公便指引天赋异禀的蛋生——一个从蛋里跳出来的孩子修习天书上的法术，和狐狸精斗智斗勇，为民除害。
「僕が愛したすべての君へ」では、母親と暮らす高校生の高崎暦がクラスメイトの瀧川和音から声を掛けられたことをきっかけにストーリーが展開。85番目の並行世界から移動してきたという彼女は、その世界では2人が恋人同士であると告げるのだった。
